Η Αγία καταγόταν από τη σπουδαία οικογένεια των Μπενιζέλων. Γεννήθηκε δε με θαυματουργικό τρόπο, ύστερα από προσευχές των γονέων της προς την Υπεραγία Θεοτόκο , διότι για χρόνια δεν αποκτούσαν παιδί.
Φρόντισαν οι ευσεβείς γονείς της να την αναθρέψουν με επιμέλεια και να την μορφώσουν με την ανθρώπινη και θεία σοφία. Σε πολύ μικρή ηλικία την πάντρεψαν με ένα πλούσιο άρχοντα της Αθήνας , κατά πολύ μεγαλύτερό της, ο οποίος της συμπεριφερόταν με απάνθρωπη σκληρότητα και αυταρχικότητα. Η Αγία υπέμενε τη σκληρή συμπεριφορά του συζύγου της επί τρία ολόκληρα χρόνια . Τελικά ο σύζυγός της απεβίωσε ξαφνικά. Η αγία έμεινε πλέον στο πατρικό της σπίτι με τους γονείς της. Πολλοί νέοι τη ζήτησαν σε γάμο, όλα τα αρχοντόπουλα της Αθήνας και της περιοχής ,εκείνη όμως απέρριπτε όλες τις προτάσεις. Η αγία , απ’ ό,τι φαίνεται άλλα σκεπτόταν και ποθούσε.
Μετά τον θάνατο των γονέων της , ύστερα από δέκα χρόνια, έγινε μοναχή μαζί με τις υπηρέτριες του σπιτιού της και άλλες κοπέλλες που επιθυμούσαν τον μοναχικό βίο. Κατόπιν οράματος δε, ανήγειρε ναό προς τιμήν του Αποστόλου Ανδρέου του Πρωτοκλήτου και Μονή εκεί όπου σήμερα είναι η Ι. Αρχιεπισκοπή Αθηνών.
Εάν η Αγία Φιλοθέη ήθελε απλώς να γίνει μοναχή, υπήρχαν πολλές μονές όπου θα μπορούσε να εγκαταβιώσει και μακριά από την Αθήνα. Όμως ο σκοπός της δεν ήταν να ζήσει μόνο την μοναχική ζωή αλλά να βοηθήσει τον λαό, ο οποίος δεινοπαθούσε κυριολεκτικά στη σκλαβιά των Τούρκων. Έτσι έφτιαξε το μοναστήρι της κάτω από την Ακρόπολη, μέσα στην πόλη.